1912年6月1日正式成立浙江医学专门学校，租借板儿巷民房作为校址。这是中国人自己兴资筹办的我国最早的一所医学高等学校。浙江省教育司任命韩清泉为第一任校长（ 1912.6-1917.1 ）

1913年，首任校长韩清泉邀请华鸿、李绳其等教授建立药科，成为国人最早创办的药学专业之一，为此学校改名“浙江公立医药专门学校”。办学宗旨: “教授应用科学 养成医药技术人材”。校训：仁肃勤朴” 。

药科师生为促进我国药学事业的发展、宣传药学教育, 经华鸿教授倡议筹设“ 药报社”, 创办《药报》。《药报》以“ 启发国民药学知识, 促进药学事业” 为宗旨。每月出版8 开一大张, 计4 版。自1920年1月发刊, 于初创时期共发刊37期。这是当时我国出版的唯一的药学专刊小报。首任编辑主任华鸿教授, 为写稿、征稿竭尽全力, 为开拓我国药学事业作了重要努力, 直至病逝, 为药界同人所缅怀。1926年后改由赵橘黄教授继任主编。

浙江公立医药专门学校药科更名为浙江省立医药专门学校药科。药科有平房五幢, 计有教室、研究室、实验室、天平室、暗室、蒸发室、药品器械贮藏室等。后又增设4 亩药园一座。至1928年种植药材不下500 种, 北方的甘草、黄蔑, 南方的红豆、肉桂, 应有尽有。尤以白花除虫菊、洋地黄生长最盛。药科学制3年。基础课：国文、拉丁文、德文、化学、分析化学、微生物学、机械学、药用植物学、药工学、工业经济、工厂建筑学及矿物、制图等。专业课：裁判化学、工业药品化学、生药学、制剂学、药品鉴定、制药化学、卫生化学等。教材多用教师编译的讲义。

浙江省立医药专门学校药科更名为浙江省立医药专科学校药科，迎来第二个药科教育高潮。期间增修校舍, 各类教材、仪器设备、药品等陆续添置补充。至1935 年药科校舍有半口式洋房一幢, 一字形洋房二幢。增设各类试验室、研究室, 另有天平室、硫化氢室、蒸发蒸馏室、普通药品贮藏室、危险药品贮藏室、陈列室等。基础课增设有物理学、数学、化学分设无机化学、有机化学、物理化学、分析化学分设定性分析和定量分析。专业课增设植物化学、药典及药品鉴定、药理学、毒物化学等。外语教学也颇重视。

各科教师不断编著出版了多种教科书和参考书, 其中重要的有赵橘黄、徐伯鋆《生药学》上册(1933年), 黄鸣驹《毒物分析化学》(1932) , 陈宏声《实用定性分析》(1934 ) , 於达望《制药化学》 (1935), 林公际《卫生化学》 (1936)、《水检查法》、《药品配伍禁忌》(1935) , 韩士淑《药用植物学》(1935), 曹元宇《定量分析化学 下册)(1936) ,叶三多《生药学》下册(1937) 等。多有我国首次自编出版的药学教科书，标志着我国现代药科教育已日趋成熟。

1938年11月筹备“省立浙江战时大学” 。1939年2月，抗日的烽火燃烧了大半个中国，战时大学正式开办。5月为纪念辛亥革命先烈陈英士为国殉难，改名为浙江省立英士大学，当时英大校徽图案就取样英士铜像。1939年药科并入英士大学后, 药科改为本科, 专科停止招生。

由于抗战, 药学系转辗各地、艰苦办学。其间,1940-1942 年在丽水, 1943-1944年在云和小顺, 1944-945年在泰顺县司前,1945-946 年在临海,1946-1947 年胜利后迁回杭州。自1945 年8 月英士大学药学系又脱离英士大学医学院, 恢复浙江省立医药专科学校药科。

1946 年迁回杭州后, 英士大学医学院、浙江省立医药专科学校改组。1947年夏升格为“浙江省立医学院”, 设医学及药学两系。招收4年制本科生1948 年全国药师的二分之一以上是由医专培养。

1949年 5月3日，杭州解放。10月，学校成立正式院务委员会，委员17人，主任委员黄鸣驹，代行政院长职务负责领导学校工作。

浙江大学医学院与浙江省立医学院合并成立浙江大学医学院，设立药学系。1952年2月，全国高等院校进行第一次院系调整，决定将浙江省立医学院与国立浙江大学医学院合并，定名为“浙江医学院”。学校成立院务委员会，黄鸣驹教授主任委员。同年暑假期间招收二年制药学系专修科新生40名。

浙江医学院更名为浙江医科大学，设立药学系。

成立浙江医科大学药学院。下设药学系、药物制剂系、药学实验中心和成教部。

1998年9月15日，浙江大学、杭州大学、浙江农业大学和浙江医科大学四校合并，组成新的浙江大学。1999年成立浙江大学药学院，成为新浙江大学首批20个学院之一。学校任命陈耀祖院士为院长。下设5个二级学科硕士学位授予点（药物化学、药剂学、生药学、药物分析学、药理学）。

2006年9月学院整体搬迁到紫金港校区。药学院第一次有了独立的教学科研大楼，总建筑面积约15300平方米,使用面积8100多平方米。2007年在学校动物中心建有2000多平方米的浙江大学药物安全性评价研究中心，2011年至今，已通过国家GLP认证、国际AAALAC认证。2021年，药理学与毒理学学科全球ESI排名前‰，U.S.News全球大学最新学科排名第38位，入选教育部“双一流”建设学科。