学院逐步完善科研基地和平台建设，目前拥有药物制剂技术国家地方联合工程实验室、 中-印尼生物技术联合实验室、教育部长三角绿色制药协同创新中心药效评价中心、 QJ特种损伤防治药物重点实验室、浙江省抗肿瘤药物临床前研究重点实验室、 食品药品安全浙江省国际科技合作基地等一批重点科研基地，形成了新药创制临床前研究的完整研发技术链。 与著名制药上市公司建有校企新药联合研究中心25个，已研制国家一类新药批件4个、 二类等新药11个，其中有4项指导原则和3个品种被《中国药典》收载。