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药学院侯廷军课题组在Nucleic Acids Research报道了蛋白降解靶向嵌合体数据库PROTAC-DB 2.0

发布时间:2022/11/03      信息来源:药学院办公网   |   浏览:135

       蛋白降解靶向嵌合体(Proteolytic targeting chimeraPROTAC)是一种新兴的药物治疗手段,其可介导靶蛋白和E3泛素连接酶间的相互作用,并通过泛素-蛋白酶体系统实现对靶蛋白的特异性降解。凭借着不同于传统小分子抑制剂的作用机制,PROTAC有望靶向过去被认为是无法成药的蛋白以及克服现有药物耐药,因此近年来受到工业界与学术界的广泛关注。但是,受限于PROTAC的分子特性,设计出高选择性、高活性、可口服的PROTAC分子仍困难重重。因此,迫切需要构建一个全面地PROTAC信息系统用于帮助研究者进行PROTAC的理性设计。

   202210月,浙江大学药学院侯廷军教授课题组在国际生物医药重要期刊《Nucleic Acids Research》上发表了论文“PROTAC-DB 2.0: an updated database of PROTACs”,对初代PROTAC-DB做出了重大更新。PROTAC-DB始建于2020年,是首个PROTAC在线数据平台,囊括了化学结构、生物活性、理化性质在内的多种数据,现已成为PROTAC领域的重要数据资源。该平台在发表之初,便受到了PROTAC创始人Crews教授的推荐,并多次被Nature Reviews Drug DiscoveryChemical Society Reviews等国际权威期刊正面引用和介绍,现平台访问量已突破75,000次,为ESI高被引论文。

   PROTAC 2.0做出了三大更新。首先,PROTAC 2.0大幅增加了收录的PROTAC分子数目以及相应的多种数据(从初代1662PROTAC分子增至3270个)。其次,考虑到实验上仅解析出少量的PROTAC介导三元复合物晶体结构,而其结构信息可为PROTAC的理性设计提供巨大的帮助。因此,在2.0版本中,作者利用自主开发的PROTAC-Model建模方法为活性较好的PROTAC分子构建了相应的三元复合物计算模型,辅助研究者进行基于结构的PROTAC理性设计。最后,PROTAC 2.0进一步优化了交互界面,为用户带来了更友好的使用体验。所有数据均可通过http://cadd.zju.edu.cn/protacdb/进行访问。

   浙江大学药学院为本论文的第一署名单位,博士研究生翁高棋为第一作者,浙江大学药学院侯廷军教授和李丹副教授为共同通讯作者。

   原文链接:https://academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkac946/6775390


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