1943年,国立浙江大学校长竺可桢与理学院院长胡刚复等向教育部申请在浙江大学理学院增设药学系。申请获准以后,学校在贵州湄潭分部成立药学系办公室,当时已在生物系任教的生理学教授孙宗彭先生组织筹建药学系。1944年秋季,药学系招收首届新生。当时系中仅有孙先生1名专职教师,学生前3年基本在外系上课,因此著名的教授苏步青、陈建功、谈家祯、于同隐、束星北、贝时璋等都曾为药学系学生授过课。1945年8月,抗日战争胜利,不久药理学教授张耀德先生到系。1946年,浙江大学由贵州迁回杭州,当年生药学教授刘宝善先生到任,次年药剂学教授顾学裘先生到任,药物化学课则由原来已在化学系的张其楷教授执教。此前孙先生向国外定购的仪器设备和化学试剂陆续运到,专业实验室逐一设置,教学条件得到改善。1949年5月,迎来了杭州解放,首届学生毕业,走上工作岗位。1950年秋,顾学裘调浙江省立医学院,任浙江省立医学院药学系主任。许植方先生和王秩福先生到系,承担植物化学和药物分析的教学工作。1951年春,楼之岑先生到系,承担药剂学的教学工作。
1952年2月,全国高等院校进行第一次院系调整,决定将浙江省立医学院与国立浙江大学医学院合并,定名为“浙江医学院”。学校成立院务委员会,黄鸣驹教授主任委员。同年暑假期间招收二年制药学系专修科新生40名。1954年8月,取消了原生药、药剂、化学、分析鉴定四系,合并成药学系。